Trước khi ra mắt tác phẩm đầu tiên, Inoue là trợ lý của Tsukasa Hojo, tác giả City Hunter. Ông ra mắt năm 1988 với tác phẩm Purple Kaede (楓パープル), xuất hiện tại tạp chí Weekly Shōnen Jump. Tác phẩm đạt giải thưởng thường niên Tezuka lần thứ 35.

Sê ri đầu tiên bắt đầu vào năm 1989 là Chameleon Jail, minh họa câu chuyện được viết bởi Kazuhiko Watanabe.

Danh tiếng của Inoue được biết đến với tác phẩm manga tiếp theo của ông là Slam Dunk, về đội bóng rổ trường trung học Shohoku. Tác phẩm này được đăng hàng tuần tại tạp chí Weekly Shōnen Jump từ năm 1990 đến 1996 và bán được 120 triệu bản ngay chỉ tại Nhật Bản. Năm 1995, tác phẩm nhận được giải thưởng thường niên Shogakukan Manga dành cho shonen manga và năm 2007 được công bố là tác phẩm manga Nhật Bản được yêu thích. Slam Dunk được chuyển thể sang 101 tập anime phát sóng trên truyền hình và 4 bộ phim.

Tác phẩm Buzzer Beater là truyện tranh online vào năm 1996 trên trang web Sports-i ESPN (hiện tại là J Sports). Kể về đội bóng rổ ở Trái đất cố gắng tranh dự tại cấp độ liên thiên hà, tác phẩm xuất hiện trên trang web chính thức với 4 ngôn ngữ: Nhật, Anh, Trung và Hàn. Buzzer Beater được sản xuất 13 ep anime vào năm 2005, vào năm 2007, sê ri 13 ep tiếp theo được sản xuất. Cả hai mùa đều được hoạt họa bởi TMS Entertainment.

Vagabond là tác phẩm tiếp theo của Inoue, chuyển thể từ tiểu thuyết hư cấu của Eiji Yoshikawa về một samurai có tên là Miyamoto Musashi, ông bắt đầu vẽ từ năm 1998. Tác phẩm giành giải Kodansha Manga trong hạng mục chung vào năm 2000, và giành giải thưởng Văn hóa Tezuka vào năm 2002.

Trong khi sáng tác Vagabond, Inoue bắt đầu vẽ Real vào năm 1999, tác phẩm manga về bóng rổ thứ ba của ông, tập trung vào bóng rổ bằng xe lăn. Tác phẩm đạt giải xuất sắc tại Lễ hội Media Arts Nhật Bản năm 2001.

Bên cạnh đó, ông còn đóng góp thiết kế nhân vật cho trò chơi nhập vai trên Xbox 360, Lost Odyssey.